在水路运输方面，4月13日，交通运输部发文要求，要统筹做好水路运输安全生产、疫情防控和保通保畅工作，既要做好水运口岸外防输入，又要严格防范涉疫城市疫情向港区扩散的风险，加强高风险岗位人员专班管理和一线人员静态管理。
交通运输部表示，涉疫地区交通运输主管部门要推动当地联防联控机制为港口作业人员通勤提供必要保障，加强对港口集疏运货车司机、船员等群体关心关爱，鼓励有条件的地区为司机、船员提供免费核酸检测服务。对来自涉疫地区的内贸船舶，实行非必要不下船、非必要不登轮，推行非接触式作业。
交通运输部水运局副局长 柳鹏：统筹做好水路疫情防控和保通保畅，封控区内港口企业应提前安排作业人员进驻港口，实行封闭管理。同时，强化服务保障。一是港口企业要充实港口一线作业人员力量，保持港口24小时作业；二是在公路服务区和防疫检查点等为司机提供餐饮、如厕等基本生活服务保障，在水上服务区为船舶提供加油、加水、生活物资供应、船舶污染物接收等基本服务保障。
对运输医疗防控物资、民生物资和粮食、能源、化肥等重要生产生活物资的船舶，实施优先引航、优先过闸、优先锚泊、优先靠离泊措施。
